Depois de associações e federações académicas, sindicatos e a Associação de Bolseiros de Investigação Científica terem mostrado o seu descontentamento pela junção do ministério do Ensino Superior ao da Educação, sabe-se, agora, que o primeiro-ministro, Luís Montenegro, decidiu não dedicar nenhuma secretaria de Estado a este nível de ensino. 

Margarida Isaías, presidente da AAUMino, tinha dito, em entrevista à RUM, que não concordava com a decisão do novo Governo, mas via como "um bom sinal" a escolha de Fernando Alexandre para a liderança deste "super ministério". 

Esta quinta-feira, o chefe do Governo apresentou a Marcelo Rebelo de Sousa a lista de 41 secretários de Estado, que se juntam aos 17 ministros já em funções. No ministério da Educação, Fernando Alexandre contará com o apoio de três secretários de Estado, mas nenhum dedicado em exclusivo ao Ensino Superior. 

Alexandre Homem Cristo foi nomeado secretário de Estado Adjunto e da Educação, o secretário de Estado da Educação será o atual diretor-geral, Pedro Machado da Cunha, e a investigadora Ana Paiva ficará responsável pela Ciência.

Esta é uma decisão distinta das que tomaram António Costa e Pedro Passos Coelho, que nomearam um secretário de Estado para o Ensino Superior.